Locus 2

Sequence ID hg18.chr11
Location 93,103,350 – 93,103,493
Length 143
Max. P 0.968411
window2 window3 window4

overview

Window 2

Location 93,103,350 – 93,103,462
Length 112
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 75.22
Mean single sequence MFE -30.47
Consensus MFE -19.76
Energy contribution -19.68
Covariance contribution -0.08
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -1.52
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.85
SVM RNA-class probability 0.865715
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>hg18.chr11 93103350 112 - 134452384
--AUGGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUAUGAGGCUGUGAAACCCAGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGAUGGAAGUUCUCUAUAGGAAGCCAUA-GCACUCCUAAUGUU--UGGUGCU
--...((((((......((((((((.((.((........))))))))))))......))))))....((((...((((....))))..))))(-(((((.........--.)))))) ( -31.40)
>dasNov1.scaffold_192792 1455 99 - 5195
--AUAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUGUGGGACUG--AAACCAGGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGAUUAAGGUUCUCCACAGGACGACAGA--CACU------------AGUGCU
--...((((((......((((((((.(((.....--...))).))))))))......))))))..........(((.(((...))).)))...--....------------...... ( -29.80)
>canFam2.chr21 44003034 107 + 54024781
CAGUAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUGUGGGACUA--AAACCAAGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAUAUUGGAGUUCUCCAUAGGAUGUAAUAGUUACU--------CAAUAGUGCU
.((((((((((......((((((((.(((.....--...))).))))))))......))))))......((((....))))...((.(((.....))))--------).....)))) ( -29.40)
>bosTau2.chr29 546947 104 - 45822729
--GUAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUGAUGGGACCA--AAUCCUGGAGCCCUUAACGCUGUGACCAAAGACUGAA-UUCUCCAUUGGAUAUAAUAGUCACU--------UGAUAGUGCU
--(((((((((......(((((((..(((((...--..))))).)))))))......))))))...(((((..-...(((...))).....)))))...--------......))). ( -31.40)
>oryCun1.scaffold_215179 58588 110 - 62759
--AAAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUGUGGAGCCAUGAGACCAAGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGACUGAUGUUCUCCACAGGAUGCCAUAAUCACU-----CAGUAGUAGUGCU
--...((((((......((((((((.(((..........))).))))))))......))))))....((((((((.....))).(((......)))..)-----))))......... ( -27.60)
>rn4.chr8 116924828 109 + 129041809
--GAAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUGGUGG-CUGUAAAACCAAAAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGAUUGAUGUUCUUCACAGAGCAGACCAUGCACU-----UUGUGAUAGUGCU
--...((((........((((((((..(((-........))).))))))))....((((((....(((.......)))))))))....))))..(((((-----.......))))). ( -33.20)
>consensus
__AUAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUGUGGGACUA__AAACCAAGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGAUUGAAGUUCUCCACAGGAUGCAAUA_UCACU________U_AUAGUGCU
.....((((((......((((((((...((.........))..))))))))......))))))..........((((......))))........((((............)))).. (-19.76 = -19.68 +  -0.08) 

alignment

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secondary structure

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Window 3

Location 93,103,387 – 93,103,490
Length 103
Sequences 6
Columns 105
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 74.47
Mean single sequence MFE -25.92
Consensus MFE -18.47
Energy contribution -18.72
Covariance contribution 0.25
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.47
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 1.26
SVM RNA-class probability 0.937427
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>hg18.chr11 93103387 103 - 134452384
GUAUGUAUGCAUUAGAAAAGACAUUUGU--AUGGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUAUGAGGCUGUGAAACCCAGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGAUGGAAGUUC
..............(((....(((((..--...((((((......((((((((.((.((........))))))))))))......))))))..)))))....))) ( -24.60)
>dasNov1.scaffold_192792 1481 94 - 5195
------AGACAAUGGGAAAGACAUUU-U--AUAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUGUGGGACUG--AAACCAGGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGAUUAAGGUUC
------.(((((((.......)))).-.--...((((((......((((((((.(((.....--...))).))))))))......))))))..........))). ( -27.30)
>canFam2.chr21 44003066 103 + 54024781
GUAUGUGCACAUUUGAAAAAAUACCUUGCAGUAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUGUGGGACUA--AAACCAAGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAUAUUGGAGUUC
.....((((.((((....))))....))))...((((((......((((((((.(((.....--...))).))))))))......)))))).............. ( -27.80)
>bosTau2.chr29 546979 100 - 45822729
GUAUGUACACAUUAGAGAAAUAGUUUUU--GUAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUGAUGGGACCA--AAUCCUGGAGCCCUUAACGCUGUGACCAAAGACUGAA-UUC
....................((((((((--...((((((......(((((((..(((((...--..))))).)))))))......))))))))))))))..-... ( -29.10)
>oryCun1.scaffold_215179 58623 101 - 62759
GUACGUACACA--UGAGAAAAAAAUAAU--AAAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUGUGGAGCCAUGAGACCAAGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGACUGAUGUUC
........(((--(.(((......)...--...((((((......((((((((.(((..........))).))))))))......)))))).....)).)))).. ( -22.30)
>rn4.chr8 116924863 98 + 129041809
GUAUGUGUA----UGGGAAGCGGGUAGC--GAAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUGGUGG-CUGUAAAACCAAAAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGAUUGAUGUUC
.(((.(((.----......))).)))..--...((((((......((((((((..(((-........))).))))))))......)))))).............. ( -24.40)
>consensus
GUAUGUACACAUUUGAAAAAAAAUUUGU__AUAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUGUGGGACUA__AAACCAAGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGAUUGAAGUUC
.................................((((((......((((((((...((.........))..))))))))......)))))).............. (-18.47 = -18.72 +   0.25) 

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 4

Location 93,103,391 – 93,103,493
Length 102
Sequences 6
Columns 105
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.77
Mean single sequence MFE -26.56
Consensus MFE -18.38
Energy contribution -18.85
Covariance contribution 0.47
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -2.04
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 1.63
SVM RNA-class probability 0.968411
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>hg18.chr11 93103391 102 - 134452384
AA-GGUAUGUAUGCAUUAGAAAAGACAUUUGU--AUGGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUAUGAGGCUGUGAAACCCAGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGAUGGAA
..-......................(((((..--...((((((......((((((((.((.((........))))))))))))......))))))..)))))... ( -23.70)
>canFam2.chr21 44003070 102 + 54024781
AA-GGUAUGUGCACAUUUGAAAAAAUACCUUGCAGUAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUGUGGGACUA--AAACCAAGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAUAUUGGA
((-(((((...((....)).....))))))).(((((((((((......((((((((.(((.....--...))).))))))))......))))))...))))).. ( -31.50)
>bosTau2.chr29 546982 100 - 45822729
AA-GGUAUGUACACAUUAGAGAAAUAGUUUUU--GUAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUGAUGGGACCA--AAUCCUGGAGCCCUUAACGCUGUGACCAAAGACUGAA
..-.....................((((((((--...((((((......(((((((..(((((...--..))))).)))))))......)))))))))))))).. ( -29.10)
>oryCun1.scaffold_215179 58627 100 - 62759
AA-GGUACGUACACA--UGAGAAAAAAAUAAU--AAAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUGUGGAGCCAUGAGACCAAGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGACUGAU
..-............--...............--...((((((......((((((((.(((..........))).))))))))......)))))).......... ( -22.00)
>rn4.chr8 116924867 98 + 129041809
AAAGGUAUGUGUA----UGGGAAGCGGGUAGC--GAAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUGGUGG-CUGUAAAACCAAAAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGAUUGAU
...(.(((.(((.----......))).))).)--...((((((......((((((((..(((-........))).))))))))......)))))).......... ( -26.80)
>rheMac2.chr14 92292829 102 - 133002572
AA-GGUAUGUAUGCAUUAGAAAAGACAUUUGU--AUAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUCAUGAGGCUGUGAAACCCAGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGAUGGAA
..-......((((((..............)))--)))((((((......((((((((.((.((........))))))))))))......)))))).......... ( -26.24)
>consensus
AA_GGUAUGUACACAUUAGAAAAAAAAUUUGU__AUAGGUCAUUUCAAAGAGGGCUUAUGGGGCUAUGAAACCAAGAGCUCUUAACGCUGUGACCAAAGAUUGAA
.....................................((((((......((((((((.((((.........))))))))))))......)))))).......... (-18.38 = -18.85 +   0.47) 

alignment

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